多項研究已證實蘋果醋能抗癌、降血糖、殺菌，然而，蘋果醋的多項副作用也不可不知。蘋果醋被界定為「弱酸」，其中的醋酸含量僅有5%-6%，但當蘋果醋被濃縮時，它的酸性威力不容小覷，故飲用時必須注意劑量，以及所購買的蘋果醋是否經過濃縮。
根據《AuthorityNutrition》網站的報導，蘋果醋有七項不可不知的副作用，常發生在飲用過多時。

蘋果醋的副作用

1. 胃輕癱
胃輕癱即食物於胃中停留過久，此乃第一型糖尿症病患的常見症狀。蘋果醋藉由延後食物離開胃的時間，以達到防止血糖飆升的效果，但也因此會加劇胃輕癱的症狀，第一型糖尿病患者尤應注意。胃輕癱的常見症狀為：胃灼熱、脹氣、噁心。

2. 食慾降低伴隨噁心感
研究發現，飲用蘋果醋後會有飽足感、食慾降低，甚或出現噁心的症狀。

3. 缺鉀、骨質流失
研究證實，長期大量飲用蘋果醋將導致缺鉀與骨質流失。當血液酸度太高時，骨質中的礦物質會釋入血液，以平衡血液的酸鹼質。骨質長期流失將會導致骨質疏鬆。

4. 傷害琺瑯質
蘋果醋的酸對牙齒的琺瑯質有害，此已有實際案例佐證。有位15歲的女孩為了減重，每天都喝下一杯（約237毫升）未稀釋的蘋果醋，導致琺瑯質嚴重損壞。

5. 食道灼傷
儘管目前還沒有蘋果醋會直接灼傷喉嚨的案例，但曾有吞食蘋果醋膠囊而灼傷食道的例子。此外，醋酸的確會導致喉嚨灼傷，此現象在兒童身上尤其明顯，建議將醋酸類液體放在兒童拿不到的地方。

6. 皮膚灼傷
目前已有數個皮膚灼傷案例，因直接將未稀釋的蘋果醋擦在皮膚上而引起。

7. 與藥物交互作用
某些糖尿病藥物、心臟病藥物（如「地高辛」Digoxin）、利尿劑若與蘋果醋一同服用，可能會導致身體內的血糖或鉀大量降低，嚴重時恐危及生命。